医院系统的洁净室先用于手术室，也就是我们现在所说的医院手术室净化工程。开始它只是在矫形手术中获得广泛应用,因为矫形手术时间较长,易于引起感染。控制水平较理想的是使用手术台附近的空气洁净度达到100级。一般建议使用顶部高效空气过滤系统,它能覆盖至少3m×3m的面积,从而将手术台和人包括在内。
医疗洁净室获得应用的其它领域有分娩室、保育室、烧伤室、心脏病人护理单元等。新进展之一是牙外科手术洁净室的应用,它降低了在长期手术过程中医务人员被感染的危险。 
对于100级净化车间，宜采用大流量粒子计数器进行测试。如果不具备，也应采用每次采样量不小于1L的粒子计数器。
在对净化车间进行洁净度检测时，尽管规定了空气的小采样量，但在实际工作中，我们应在保证小采样量前提条件下，根据已有的检测设备，尽量采用大流量的尘埃粒子计数器。
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